La chiesa di San Nicolò de' Franchis è una delle più antiche chiese di Polizzi Generosa. Fu eretta per volere di Pietro da Tolosa e fu  capo di Capitanea quando la città alla fine del XII secolo venne divisa in sei capitanee, chiamate poi dal 1363 quartieri. L'edificio era affiancato dall'ospedale che esistette fino al 1430.

Nel 1260 vi morì il francescano San Gandolfo, patrono di Polizzi, che, sulle orme dei seguaci del poverello d'Assisi, dopo aver esercitato il suo apostolato tra Castelvetrano, Palermo e Termini Imerese, giunse nella Città Demaniale madonita dove predicò in occasione della Quaresima. Svolse, inoltre, opere di assistenza spirituale e materiale verso i poveri e gli ammalati dell'ospedale di San Nicolò de' Franchis dove egli aveva fissato la sua dimora.

Nella chiesa oggi si trova una statua lignea raffigurante il Patrono defunto risalente alla seconda metà del XIX secolo di autore sconosciuto, il fontino per l'acqua benedetta degli inizi del XVI secolo realizzato dalla bottega dei Gagini e una tela rappresentante la Madonna del Rifugio della fine del XVIII secolo, collocata dai confrati della confraternita della Madonna del Rifugio quando quella di San Gandolfo si era spostata nella chiesa dedicata al Santo ovvero l'attuale chiesa del Collegio di Maria costruita nel 1622.